Saamelaiskäräjien kokous oli budjetoinut vuodelle 2013  71 000 euron alijäämäisen budjetin. Varsinaisen toiminnan tuotot olivat 5 886 066,90 euroa ja kulut -5 842 487,75 euroa. Saamelaiskäräjien menoista kiinteitä (henkilöstö- ja toimitilakulut) on 85 %. 

Saamelaiskäräjien varsinaisen toiminnan tulos oli 55 338,13 euroa. Varsinaiseen toimintaan kuuluu oikeusministeriön yleisen valtionavustuksen käyttö, saamen kieliyhteistyö, nuorisoneuvoston toiminta, saamelaisnuorten taidetapahtuma ja pohjoismainen saamelaissopimus. Saamelaiskulttuurikeskus Sajoksen palveluyksikkö, joka hoitaa Sajoksen palvelumyyntiä ja kulttuurikeskuksen tukipalveluita, teki tappiota -8 448,68 euroa.

Saamelaiskäräjien tilintarkastajat ovat tilintarkastuskertomuksessaan todenneet saamelaiskäräjien taloutta ja hallintoa hoidetun laillisesti ja päätösten mukaisesti. 

Saamelaiskäräjien vuoden 2013 toimintakertomuksessa on käsitelty laajasti saamelaiskäräjien omaa toimintaa ja budjettivuodelle ja vaalikaudelle asetettujen tavoitteiden toteutumista. Saamelaiskäräjät on uudistanut toimintakertomuksen laatimistapaa. Saamelaiskäräjät antoi vuonna 2013 198 erilaista lausuntoa tai kirjelmää. Tästä 154 oli lausuntoja, 4 esityksiä ja 40 muistioita tai valituksia. 

Saamelaiskäräjillä oli yhteensä 83 edustajaa eri työryhmässä. Saamelaiskäräjät neuvotteli kertomusvuonna saamelaiskäräjälain § 9 mukaisia neuvotteluja ministeriöiden kanssa 3 kertaa ja muiden viranomaisten kanssa 4 kertaa. Lisäksi saamelaiskäräjillä oli kertaluonteisia sidosryhmä- ja edustustapaamisia 65 kertaa. 

Toisena toimintavuotenaan Sajoksessa kävi n. 12 000 kokous- ja tapahtuma-asiakasta. Sajoksessa järjestettiin kertomusvuoden aikana 40 yleisötapahtumaa.

Kertomusvuonna saamelaiskäräjillä oli käynnissä 7 eri projektia, joista saamelaisten sosiaali- ja terveyspalvelujen kehittämisrakenne – hanke päättyi vuonna 2013. 

Vuodelle 2013 oli asetettu kuusi päätavoitetta: saamelaiskäräjälain uudistus, ILO 169-sopimuksen ratifioiminen, pohjoismainen saamelaissopimus, saamen kielten elvytysohjelman ja  biodiversiteettisopimuksen artikla 8(j):n toimeenpano, pääministeri Jyrki Kataisen hallitusohjelman saamelaiskirjausten edistäminen sekä saamelaiskäräjien henkilöstöpoliittisten ohjelmien hyväksyminen. Päätavoitteita toimeenpantiin pääosin saamelaiskäräjien varsinaiseen toimintaan myönnetyllä määrärahalla. Päätavoitteista saamelaiskäräjien henkilöstöpoliittiset ohjelmat on hyväksytty ja artikla 8(j):n toimeenpano on tehostunut. Muut päätavoitteet eivät budjettivuoden aikana edenneet saamelaiskäräjistä riippumattomista syistä.