Luonnon monimuotoisuus on saamelaisten kotiseutualueella rikasta, mutta se kuten subarktinen luonto, on myös haavoittuvaa. Pohjoisessa maisemaa luonnehtivat laajat tunturiylängöt ja etelämpänä laajat vesistöt ja metsät. Alueen vallitsevina luontotyyppeinä ovat tunturipaljakka ja -koivikko sekä jängät eli suot. Eteläisellä alueella kasvaa myös kangasmetsää ja vanhoja aarniometsiä. Kotiseutualueella tavataan kaikki Suomen suurpedot, uusimpana ilves. Alueella pesii lukuisia uhanalaisia ja myös tavallisia lintulajeja.  Kotiseutualueen monipuolinen kasvillisuus ja eliöstö ovat tarjonneet saamelaisille resurssipohjan kulttuuria ja elinkeinoja varten. 

Saamelaiskulttuurin liikkuva elämäntapa ei ole jättänyt maisemaan juurikaan pysyviä muinaismuistoja. Maisemaan on jäänyt esivanhempien kotakenttiä, reittejä, kaarteita ja rakennelmia. Saamelainen luontoon liittyvä kulttuuriperintö elääkin tarinoissa, joiuissa ja paikannimissä. Saamelaisten kotiseutualueella on hyvin rikas saamenkielinen paikannimistönsä. Paikannimet kertovat  mm. alueen käytöstä, historiasta, uskonnosta, tapahtumista ja elinkeinoista. 

Saamelaisten kotiseutualueen maa- ja vesialueiden pinta-ala on yhteensä yli kolme miljoonaa hehtaaria. Se on noin kymmenesosa koko Suomen pinta-alasta. Saamelaisten kotiseutualueesta 91 % on valtion hallinnassa ja noin 80 % on eri tavoin suojeltua. 

Saamelaisten kotiseutualueella valtion hallinnassa olevilla alueilla harjoitetaan metsätaloutta  lähinnä Lapin paliskunnan ja Inarin kunnan alueilla. Metsähallitus, paliskunnat ja luontojärjestöt ovat sopineet kyseisillä alueilla tärkeiden poronhoitoalueiden ja luontokohteiden rauhoittamisesta 20 vuodeksi. Sopimus tehtiin vuonna 2010.  Valtion hallinnassa olevilla metsätalousalueilla sovelletaan PEFC-metsäsertifiointikriteeristöä. Saamelaisten kotiseutualueella on oma kriteeristönsä, joka on sovittu yhteistyössä Metsähallituksen, kolttien kyläkokouksen ja saamelaiskäräjien kanssa. Saamelaisten kotiseutualueen paliskunnat ovat hyväksyneet kriteeristön. 

 

 

Poroilla on vapaa laidunnusoikeus saamelaisten kotiseutualueella myös luonnonsuojelualueilla ja yksityisten maa-alueilla. Kartassa kuvataan keskeisimmät maankäyttömuodot valtion hallinnassa olevilla maa- ja vesialueilla. Suojametsäalue on lainsäädännöllä säädetty alue, jossa metsää tulee hoitaa ja käyttää siten, ettei se aiheuta metsärajan alenemista. Suojametsäalueeseen kuuluvat Enontekiön ja Utsjoen kuntien alueet sekä alueita Inarin kunnasta.