Avdelinga arbeider med tilrettelegging og forvaltning av havbruksnæringa etter akvakulturlova og havbeitelova. Avdelinga arbeider med å sikre trygg sjømat «frå fjord til bord», regelverk og sjømattilsyn gjennom heile produksjonskjeden, medrekna fiskefôr og -helse. Eit viktig ansvarsområde for avdelinga er marknadsinngang globalt (WTO), europeisk (EU/EØS) og bilateralt. Avdelinga skal også vere ein bidragsytar i arbeidet for auka verdiskaping basert på marint råstoff, medrekna forvaltning av Eksportutvalet for fisk AS.