Folkehelseavdelingens hovedoppgaver er knyttet til helsefremmende og forebyggende arbeid, helseovervåkning og helseregistre, ernæring og mattrygghet, legemiddelspørsmål og alkohol- og narkotikaspørsmål.
Videreutvikling av spesialisthelsetjenesten er hovedoppgaven for avdelingen, med særlig oppmerksomhet på kvalitet og tilgjengelighet, samt følgene av den demografiske og den medisinske utviklingen i samfunnet.
Helse- og omsorgsdepartementet forvalter eierskapet til de regionale helseforetakene, og Eieravdelingens hovedoppgave er å ivareta eierstyringen.
Helserettsavdelingen har ansvaret for de fleste lovene og forskriftene som ligger under Helse- og omsorgsdepartementets område.
Avdelingen bidrar til å utvikle de kommunalpolitiske virkemidlene i forhold til blant annet kommunehelsetjenesten, omsorgstjenesten, sosialtjenesten og psykisk helsearbeid i kommunene.
Budsjett- og økonomiavdelingen samordner Helse- og omsorgsdepartementets arbeid med statsbudsjettet samt har ansvar for analyse- og utredningsoppgaver knyttet til ulike finansierings- og tilskuddsordninger.
Administrasjonsavdelingen har ansvar for fellesoppgaver i departementet og samordner også oppgaver innenfor forskning, beredskap og internasjonalt arbeid.
Samhandlingsavdelingen har en koordinerende og strategisk rolle i forhold til øvrige avdelinger i oppfølging av samhandlingsreformen, og avdelingen har ansvar for å koordinere arbeidet med Nasjonal Helse- og omsorgsplan.
Enheten har hovedansvar for kontakt med media, web-sider, brosjyrer og krisekommunikasjon.