Avdelinga arbeider med forskings- og innovasjonspolitikk, regionalpolitikk og hamne- og sjøtransportspolitikk, medrekna Nasjonal transportplan.
Avdelinga har ansvar for statsbudsjettarbeidet, revisjonssaker, økonomistyring, tilskotforvaltning og mål- og resultatstyring.
Avdelinga har vidare ansvar for etatsstyring av Fiskeridirektoratet, Kystverket, Havforskingsinstituttet, Nasjonalt institutt for ernærings- og sjømatforsking, Veterinærinstituttet og Fiskeri- og forskingsfondet til havbruksnæringa og eigarstyring av NOFIMA AS og Eksportutvalget for fisk AS.
Avdelinga følgjer opp nordisk samarbeid og bistandssaker og har dessutan ansvar for finansiering og drift av infrastrukturen på Jan Mayen.
