Samferdselsdepartementet blir leia av samferdselsministeren. Anna politisk leiing består av tre statssekretærar og ein politisk rådgjevar. Departementsråden er administrativ leiar av departementet.
Samferdseldepartementet har fem avdelingar.
Plan-, økonomi og administrasjonsavdelinga
Luft-, post- og teleavdelinga
Veg- og baneavdelinga
Transportavdelinga
Kommunikasjonsavdelinga