Samisk høgskole er i front som høyere utdannelse- og forskningsinstitusjon i Sápmi og i urfolksverdenen forøvrig.  Samisk høgskole forsker innen mange kunnskapsområder. Forskningen omfatter språkviten, kultur, reindrift og andre tradisjonelle næringer, tradisjonell viten og kunnskap, stedsnavn, det nåværende samfunnet og historie, rettsforskning på et lokalt, nasjonalt og internasjonalt nivå osv. Samisk høgskole fremmer aktivt samisk forskning som en del av urfolksforskningen.

Deler av samisk høgskoles forskningsaktivitet blir finansiert av Nordisk ministerråd. Dette er arven etter det tidligere Nordisk Samisk Institutt. Instituttet ble slått sammen med Samisk høgskole i 2005.

Samisk forskning har en viktig betydning i å fremme og sikre de samiske samfunnene for fremtiden. Hvert urfolkssamfunn behøver å bygge sin egen vitenskapelige kompetanse, å utdanne sine fagfolk og å utvikles på lik linje med storsamfunnet.

Som en medlemsinstitusjon i WINHEC (World Indigenous Nations Higher Education Concortium) følger Samisk høgskoles forskningsaktivitet WINHECs forskningsetiske retningslinjer: http://win-hec.org/files/WinHEC_Research_Standards_February%202011.pdf

Samisk høgskole publiserer vitenskapelige tidsskrift som Dieđut og Raporttat. Sammen med UIT Norges arktiske universitets senter for samiske studier, så har Samisk høgskole i over 20 år publisert det samiske vitenskapelige tidsskriftet. Dette er verdens eneste vitenskapelige tidsskrift på samisk og den innehar en faglig vurderingsordning.