Avdeling for havbruk, sjømat og marked forvalter havbruksnæringen medregnet fiskehelse og miljøpåvirkning, gjennom akvakulturloven og lov om matproduksjon og mattrygghet. Under avdelingens ansvarsområde ligger også kvalitetskontroll av og tilsyn med sjømatprodukter gjennom hele produksjonskjeden, inkludert fiskefôr. Handelspolitikk og markedsadgang er et annet viktig ansvarsområde; på globalt nivå (WTO), europeisk nivå (EU-EØS) og regionalt/bilateralt nivå (EFTA). Videre bidrar avdelingen til å fremme økt lønnsomhet for norske sjømatprodukter, blant annet gjennom generisk markedsføring med midler fra næringen. Markedsføringen er administrert av Eksportutvalget for fisk AS.
