Forsknings- og innovasjonsavdelingen arbeider med forsknings- og innovasjonspolitikk, regionalpolitikk og havne- og sjøtransportspolitikk, herunder Nasjonal transportplan.
Avdelingen har ansvar for statsbudsjettarbeidet, revisjonssaker, økonomistyring, tilskuddforvaltning og mål- og resultatstyring.
Avdelingen har videre ansvar for etatsstyring av Fiskeridirektoratet, Kystverket, Havforskningsinstituttet, Nasjonalt institutt for ernærings- og sjømatforskning, Veterinærinstituttet og Fiskeri- og havbruksnæringens forskningsfond samt eierstyring av NOFIMA AS og Eksportutvalget for fisk AS.
Avdelingen følger opp nordisk samarbeid og bistandssaker og har dessuten ansvar for finansiering og drift av infrastrukturen på Jan Mayen.
