Finanstilsynet skal arbeide for at banker, forsikringsselskaper og finansieringsforetak følger lover og regler som er vedtatt for finansmarkedet. Det samme gjelder verdipapirforetak, børs og autoriserte markedsplasser, verdipapirregistre, eiendomsmeglere, e-pengeforetak, revisorer og regnskapsførere. Kontrollen skjer blant annet ved at Finanstilsynet vurderer de styrings- og kontrollfunksjonene selskapene etablerer og går gjennom regnskaper og dokumenter. Når Finansdepartementet behandler saker som gjelder finansmarkedet, er det vanlig å be om Finanstilsynets vurdering før en avgjørelse blir tatt.
Finanstilsynet skal hvert år gi Finansdepartementet en melding om sin virksomhet. Denne legger Finansdepartementet fram for Stortinget i en årlig kredittmelding. Etatens utgifter dekkes i sin helhet av de institusjonene som det føres tilsyn med. Finanstilsynet hadde ved utgangen av 2005 196 ansatte.