Kunnskapsdepartementet (KD) ledes av kunnskapsministeren og forsknings- og høyere utdanningsministeren. Den øvrige politiske ledelsen består av tre statssekretærer og en politisk rådgiver.
Departementsråden er departementets administrative leder. Departementet har også en assisterende departementsråd.
Kunnskapsdepartementet har rundt 300 ansatte fordelt på sju avdelinger og en enhet for kommunikasjon.
KD er i utgangspunkt en linjeorganisasjon, men oppgavene løses i stor grad ved bruk av ulike organisasjonsformer. Det er etablert fagteam og nettverk med ansvar for oppgaveløsning på tvers av avdelingsstrukturen.
Videre organiseres en rekke oppgaver i prosjekt, strategigrupper og på andre måter der det anses hensiktsmessig. I tillegg er det også etablert tverrgående nettverksarbeid mellom avdelingene.
