Samferdselsdepartementet ledes av samferdselsministeren. Den øvrige politiske ledelsen består av tre statssekretærer og en politisk rådgiver. Departementsråden er departementets administrative leder.
Samferdseldepartementet har fem avdelinger:
- Plan-, økonomi og administrasjonsavdelingen
- Luft-, post- og teleavdelingen
- Veg- og baneavdelingen
- Transportavdelingen
- Kommunikasjonsavdelingen
