Finansdepartementet har et ansvar for en rekke underliggende etater og statlige foretak: Skatteetaten, Toll- og avgiftsetaten, Statens innkrevingssentral, Statistisk sentralbyrå, Finanstilsynet, Senter for statlig økonomistyring og Folketrygdfondet. Til sammen har disse rundt 10 000 ansatte. Norges Bank utøver penge- og valutapolitikken etter retningslinjer som gis av Kongen og regjeringen. Saker av særlig viktighet skal forelegges Finansdepartementet. Norges Bank er dessuten ansvarlig for den operative forvaltningen av Statens pensjonsfond utland etter regler fastsatt av Finansdepartementet.
Finansdepartementets rolle overfor de tilknyttede virksomhetene varierer, men felles for alle er at Finansdepartementet trekker opp retningslinjer for virksomhetene basert på det lovverket Stortinget har vedtatt. For de underliggende etatene tildeler Finansdepartementet dessuten årlige budsjettmidler i tråd med Stortingets vedtak. I praksis har de tilknyttede virksomhetene stor handlefrihet i faglige spørsmål, men departementet er klageinstans for visse avgjørelser.