Den overordnete målsetting for avdelingen er å sikre norske forbrukere trygge matvarer av riktig kvalitet gjennom en sunn matproduksjon. Målsettingen omfatter ikke bare sluttproduktet; hele prosessen fra jord og hav til bord skal skje på en måte som er forsvarlig med hensyn til miljø, helse og dyrevern. Hovedmålsettingen kan deles opp i tre delmål:
Matproduksjon
Næringsmidlene skal være helsemessig trygge og oppfylle de kravene som er fastsatt i regelverk. Næringsmidler skal være fri for smitte- og fremmedstoffer som er skadelige for forbrukere. Produktene skal ha forventet kvalitet og være produsert i samsvar med allmenne samfunnsnormer. En prioritert oppgave er å sikre forbrukerne innvirkning for å imøtekomme deres preferanser på matområdet.
Dyrehelse og dyrevern
Norge skal holdes fritt for alvorlige dyresykdommer. Tapsbringende sykdommer hos produksjonsdyr og i oppdrettsnæringen skal holdes nede. Dyreholdet skal være forsvarlig, og dyrene skal sikres et godt miljø.
Plantehelse
Innførsel og etablering av farlige sykdommer og skadedyr på planter i Norge skal forhindres. Sykdommer og skadedyr i planteproduksjonen som fører til kvalitetsforringelse og økonomiske tap skal forebygges og bekjempes.
De operative arbeidsoppgavene under avdelingens ansvarsområde er i stor grad lagt ut til Mattilsynet Avdelingen har også etatsstyring for Veterinærinstituttet.
